Wieś powstała zapewne w czasie funkcjonowania kasztelani w Kożuchowie. Niewykluczone, że położona blisko grodu miejscowość była jedną ze wsi służebnych, których mieszkańcy świadczyli usługi na rzecz grodu. Prawdopodobnie już w średniowieczu wykształciły się dwie części wsi - dolna i górna (niem. Nieder- i Ober- Siegersdorf). Podbrzezie Dolne rozwinęło się przy starym trakcie do Głogowa, Górne natomiast przy drodze do Żagania. Na przestrzeni wieków wieś wielokrotnie zmieniała właścicieli a obie jej części podlegały podziałom na mniejsze majątki. Pierwsze wzmianki o Podbrzeziu (villa Segehardi) pojawiły się w 1295 r., właścicielem wsi był wtedy burgrabia (kasztelan) kożuchowski Dietrich von Pesna. Własnością kasztelanów kożuchowskich pozostawało Podbrzezie prawdopodobnie do połowy XIV w. W tym czasie doszło zapewne do podziału wsi - w 1349 r. jedna z jej części (Segehardisdorf) znajdowała się w rękach żagańskiego mieszczanina Petera Unglowbe. Od tej pory coraz częściej jako właściciele Podbrzezia występowali przedstawiciele bogatego patrycjatu.
W 1405 r. swoje dobra w obu częściach wsi posiadał Johann Frankinfurd, potem kożuchowscy mieszczanie Niclos Lindener i Barusch Drepler (1421 r.). Na początku XV w. część Podbrzezia Dolnego znajdowała się w posiadaniu rodziny rycerskiej von Unruh. Po śmierci Paula von Unruha (ok. 1480 r.) własność rycerska przeszła na spokrewnionych z nim mieszczan kożuchowskich Sigismunda i Kaspra Ludwigów, którzy wkrótce sprzedali majątek miastu. W 1517 r. wymienia się jako właściciela Hansa von Rechenberga. W rękach tego rodu wieś pozostawała do początków XVII w. W 1609 r. Podbrzezie Górne i część Dolnego zakupił Johann Georg von Stenscha (dzierżawca kożuchowskiego zamku). W tym samym czasie w Podbrzeziu Dolnym znajdował się folwark Schönborn, którego właścicielem był cesarski radca Georg von Schönborner. W latach 1637 - 38 gościł u niego słynny głogowski poeta i dramatopisarz Andreas Gryphius.
Około 1709 r. majątek w Podbrzeziu Górnym i część Dolnego zakupił Hans Ernst von Kalckreuth z Cziradza - nowy właściciel był wachmistrzem saskiego pułku piechoty na służbie króla Polski Augusta II. Około 1780 r. Kalckreuthowie wznieśli w Podbrzeziu Dolnym okazały barokowy pałac, przy którym założono obszerny park krajobrazowy (w tym roku sprzedano należący do nich majątek i dwór w Czciradzu Dolnym). Za rządów Kalckreuthów nastąpił dynamiczny rozwój wsi - u schyłku XVIII w. funkcjonowały tu 3 folwarki i kilka wiatraków. W 1815 r. drugą część majątku w Podbrzeziu Dolnym (prawdopodobnie dawny folwark Schönborn) przejęła rodzina von Schwerdtfeger z Żar, która w swojej części wybudowała klasycystyczny dwór.
W 1845 r. w Podbrzeziu Dolnym (majątek Kalckreuthów) znajdował się folwark, browar, gorzelnia, młyn wodny i wiatrowy oraz 5 olejarni (zamieszkiwało 426 osób w 64 domach); majątek Schwerdtfegerów obejmował - 2 folwarki, młyn wodny, 5 wiatraków, rzeźnię i masarnię (365 mieszkańców i 59 domów). W tym samym czasie w Podbrzeziu Górnym znajdowała się posiadłość ziemska Kalckreuthów - 2 folwarki, 2 młyny wodne, 5 wiatraków, 2 gorzelnie, cegielnia - wieś posiadała swoją szkołę ewangelicką (504 mieszkańców i 86 domów) i 5 wolnych gospodarstw chłopskich. W II połowie XIX w. majątek ziemski w Podbrzeziu Górnym został rozparcelowany. Na początku XX w. obie części Podbrzezia zostały terytorialnie wchłonięte przez rozwijające się miasto Kożuchów. Zachowały jednak swoją odrębność administracyjną. Ostatnimi właścicielami obu majątków w Podbrzeziu Dolnym byli graf Eberhard von Kalckreuth oraz Hilda i Max Schwerdtfeger. Po 1945 r. pałac Kalckreuthów uległ zniszczeniu (po splądrowaniu przez wojska radzieckie obiekt spłonął). Ruiny budowli rozebrano na początku lat 50. XX w. Obecnie tylko fragment fasady budynku i park przypomina o istnieniu założenia pałacowego. Dwór Schwerdtfegerów zachował się do chwili obecnej - po wojnie mieściły się w nim biura PGR.